Ключевое отличие это .NET. Это значит, что ваши программы будут чуточку медленней работать и кушать чуточку больше памяти, но в то же время будет исключён огромный класс ошибок работы с памятью за счёт использования сборщика мусора; будет доступна огромная библиотека хорошо написанного и отлаженного кода почти на все случаи жизни.

Кроме того C# это современный язык с современной IDE, а C++ это порождение из 80-х.

Честно говоря нужны очень весомые аргументы, чтобы не использовать C#. Это как спрашивать — что лучше взять: Ниву или Toyota Land Cruiser. В теории у Нивы чуть лучше проходимость, чуть меньше бензина кушает, но в условиях IT, когда всё доступно нахаляву, мало кто сомневается в выборе.