Здравствуйте, Alexey.Os, Вы писали:

AO>В рамках будущего проекта будем создавать ПО под Windows.
AO>Решаем, какой инструмент разработки выбрать Visual C++ или Visual C#

Учитывая что писать вы собираетесь что-то под Windows, то и писать лучше на чем-то под Windows.
Простите, но какой вопрос, такой и ответ.

По сути — лучше всего рассматривать какие технологии потребуются и наиболее подходят для решаемой задачи. Из этого выбирать уже язык (плюс поглядывать на местный рынок специалистов, на его цены и число предложений). Если проектов больше одно, то не исключено что и команды могут писать на разных языках.