Здравствуйте, Dair, Вы писали:

D>Диспозиция: я в своей ветке, наменял разного, делаю коммит (не push) и готовлюсь взять последюю версию от коллег из develop, чтобы не сильно отставать. Для этого надо мне тут сделать commit, переключиться на общий develop, сделать pull,

Нафига???

git fetch origin develop:develop

Никак не зависит от текущей ветки, состояния рабочей копии и т.п., если текущая ветка не develop.

D> переключиться обратно, сделать merge. Делаю:

D>$ git reset --hard
D>$ git status
D>...
D> изменено: some/path/file1.cpp
D> изменено: some/path/file2.cpp
D> изменено: some/path/file3.cpp
D> изменено: some/path/file4.cpp
D> изменено: some/path/file5.cpp
D>...
D>[/code]

D>И вот тут я не понимаю что делать.

D>Проверил сторонние процессы — никого нет, никто к файлам не доступается.

Слушай, а у тебя с RAM, шиной и т.п. на данном компе всё в порядке?
Ничем иным я объяснить подобные чудеса на сейчас не могу, кроме как битым железом.