Сортируй чанки пузырьком

По-моему задача бессмысленная в отрыве от конкретных характеристик. И процессор и диск могут работать со скоростью, отличающейся в разы.

PS а как ты хочешь сортировать чанки за линейное время? Что за count sort? Он для 32-битных чисел сработает на 256 MB?