Здравствуйте, olimp_20, Вы писали:

_>Подскажите: какая идея решения? Я начал "копать" в сторону суффиксных деревьев. Может есть боллее лучший подход к решению?

Обрати внимание:
_>1≤A≤12, 1≤B≤12

Т.е. подпоследовательности длинной не более 2^12 . Вполне можно завести массив счетчиков такой длинны, и "в лоб" .
Позицию первого вхождения, (для сортировки результатов) выполним вторым проходом массива.

Сложность O(2^(B))+O(длинна последовательности)

Для оптимизации: перегнать массив нулей и единичек сразу в массив без-знаковых целых и работать сдвигами и масками.