IB>Задача состоит в том, чтобы в лабораторных условиях из простой программы (аналогичной РНК) получить более сложную программу
Задача получения более сложной програамы из более простой решена десятки лет назад, усложнение кода было неоднократно подтверждено. Были повторены основные эволюционные законы, например "появление паразита угнетающего доминирующий вид приводит к взрывному росту разнообразия". Собственно после статьи о программах Томаса Рэя в "Технике Молодёжи" из-за желания повторить тоже самое на (наивность уровня 'грабить корованы' ) ЕС 1841 я в школе забросил паскаль (там нельзя было выделить под "зоопарк" массив больше 64к) и засел за ассемблер x86

IB>.. аналогичную млекопитающему.
Для такого моделирования понадобится моделировать ещё и очень сложную окружающую среду. Большинство "зоопарков с вирусами" этим не заморачиваются ввиду ограниченности ресурсов. В самой задаче никаких нерешаемых проблем, кроме вычислительных ресурсов, не просматривается. Напиши, купи ресурсов в облаке, и получи желаемое решение в любых ограничения которые сочтёшь нужными.