ИМХО — нужно иметь вузы разного направления.
Вот в СССР были универы, где готовили в том числе и научные кадры.
А были специализированные технические институты, где конкретно готовили инженеров по конкретной инженерной специальности.
Там матфаков и физфаков — не было.
А теперь — все универы, и все готовя не понять кого.

И еще.
Уровень программиста — это бакалавр.
А магистр — это научная степень. Туда должны идти люди с целью потом пойти в аспирантуру.
К сожалению, в этом деле тоже все наперекосяк.