а не могли бы вы вкратце очертить области биоинформатики, где проходит граница математикоемкой и нематематикоемкой разработки
то есть
— с одной стороны, где достаточно биолога, выучившего какой-то фреймворк для разработки и оперирующего в нем биологическими сущностями, а вся математика завернута в библиотеки
— а с другой, где необходим разработчик, знающий математику, алгоритмы и пр, и разрабатывающий именно вот эти математическо-алгоритмические модели
интересует именно то, где проходит граница
Re: биоинформатика без математики - где проходит граница?
Здравствуйте, tttraveler, Вы писали:
T>а не могли бы вы вкратце очертить области биоинформатики, где проходит граница математикоемкой и нематематикоемкой разработки
T>то есть T>- с одной стороны, где достаточно биолога, выучившего какой-то фреймворк для разработки и оперирующего в нем биологическими сущностями, а вся математика завернута в библиотеки T>- а с другой, где необходим разработчик, знающий математику, алгоритмы и пр, и разрабатывающий именно вот эти математическо-алгоритмические модели
T>интересует именно то, где проходит граница
Для реальных задач с геномом (например аннотации генома, диагностики) знать математику не очень надо.
Для написания тулов обычно знать алгоритмы стоит.
Это примерно разница между пользователем 1С и разработчиком =)))
Re[2]: биоинформатика без математики - где проходит граница?
Здравствуйте, fleandr, Вы писали:
T>>интересует именно то, где проходит граница
F>Для реальных задач с геномом (например аннотации генома, диагностики) знать математику не очень надо. F>Для написания тулов обычно знать алгоритмы стоит.
F>Это примерно разница между пользователем 1С и разработчиком =)))
наверное мне нужна немножко более детальная разбивка
по следующей аналогии
— 1С
— инфосайт на пхп
— бизнес веб-приложение
— десктоп-серверное бизнес приложение
— фреймворк для написания бизнес-приложений
— софт с использованием системных апи
— драйвера с ассемблерными вставками
то есть где-то 5-7 уровней
в идеале со ссылками на софт в инете
может быть даже готовая диаграмма где-то в сети валяется на несколько десятков/сотен примеров
чтобы все можно было охватить одним взглядом
Re: биоинформатика без математики - где проходит граница?
Здравствуйте, tttraveler, Вы писали:
T>- с одной стороны, где достаточно биолога, выучившего какой-то фреймворк для разработки и оперирующего в нем биологическими сущностями, а вся математика завернута в библиотеки T>- а с другой, где необходим разработчик, знающий математику, алгоритмы и пр, и разрабатывающий именно вот эти математическо-алгоритмические модели T>интересует именно то, где проходит граница
На создании инструментов, биологи тупо будут пользоваться готовыми инструментами. К примеру, для выравнивания ридов на образец биолог просто возьмёт BWA, а не будет заморачиваться деталями динамического программирования. Для просмотра результатов — возьмёт какой-нибудь IGV. И т.п.
И вообще, в биоинформатике не так уж и много математики, на самом деле. Даже для того, чтобы писать сложные инструменты типа ассемблеров, — нужно только базовые знания теории графов. И ещё несколько лет опыта в использовании этих самых графовых алгоритмов на реальных данных.
Sapienti sat!
Re[2]: биоинформатика без математики - где проходит граница?
Здравствуйте, Cyberax, Вы писали:
C>Здравствуйте, tttraveler, Вы писали:
T>>- с одной стороны, где достаточно биолога, выучившего какой-то фреймворк для разработки и оперирующего в нем биологическими сущностями, а вся математика завернута в библиотеки T>>- а с другой, где необходим разработчик, знающий математику, алгоритмы и пр, и разрабатывающий именно вот эти математическо-алгоритмические модели T>>интересует именно то, где проходит граница C>На создании инструментов, биологи тупо будут пользоваться готовыми инструментами. К примеру, для выравнивания ридов на образец биолог просто возьмёт BWA, а не будет заморачиваться деталями динамического программирования. Для просмотра результатов — возьмёт какой-нибудь IGV. И т.п.
C>И вообще, в биоинформатике не так уж и много математики, на самом деле. Даже для того, чтобы писать сложные инструменты типа ассемблеров, — нужно только базовые знания теории графов. И ещё несколько лет опыта в использовании этих самых графовых алгоритмов на реальных данных.
я на самом деле читал певзнера, где было куча математики
и кое какую introduction-level (во всяком случае почти все названия книг начинались со слова introduction) литературу по генетике
и просматривал сайты со всякими коммерческими и опенсорс инструментами
если покопаться несколько недель в инете я наверное выясню общую картину, и даже нарисовать ее в виде диаграммы для публики (вроде диаграммы выбора на тему "а что мне почитать из фантастики", которую где-то здесь недавно публиковали)
спросил здесь на всякий случай
может кто знает уже готовую диаграмму такого рода
Re[3]: биоинформатика без математики - где проходит граница?
Здравствуйте, tttraveler, Вы писали:
T>я на самом деле читал певзнера, где было куча математики
Мне эту книгу ("An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)") подарили во время того, как я писал свой ассемблер. Я её так и ниасилил закончить, если честно. Просто из-за того, что там очень много всего по верхам надёргано, и на практике оно всё существенно сложнее.
Причём конкретно жуткой математики там не так много — просто скорее математизированное изложение алгоритмов.
T>и кое какую introduction-level (во всяком случае почти все названия книг начинались со слова introduction) литературу по генетике T>и просматривал сайты со всякими коммерческими и опенсорс инструментами
Есть неплохая книга для практиков — "Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data".
Sapienti sat!
Re[2]: биоинформатика без математики - где проходит граница?
F>Для реальных задач с геномом (например аннотации генома, диагностики) знать математику не очень надо. F>Для написания тулов обычно знать алгоритмы стоит.
Здравствуйте, Lepsik, Вы писали:
L>я вас умоляю. решите эти L>http://rosalind.info/problems/list-view/
Зачем? Для реального применения они подходят примерно как совсем никак.
