Здравствуйте, emp, Вы писали:

emp>Ну или дайте хоть ссылку на "хорошие практики". а то везде либо примитивные примеры, либо слишком сложные из более-менее реальных проектов.

Помещайте свою функцию start в таблицу. Тогда и не потребуется обновлять каждый раз. По другому никак.
Либо держите отдельные интерпретаторы (потоки луа вам тут не помогут, они шарят глобальную таблицу)

Ну и общая рекомендация — используйте библиотеки типа luabind для связывания кода.
"хорошие практики" я не видел, да там особо и нет ничего сложного.