Сейчас делаю так:

status = `rdesktop .... &`

Но после запуска программы интерпретатор ruby дожидается когда я закрою
запущенное приложение, прежде чем продолжать дальнейшее выполнение
программы. А как запустить ее асинхронно?

И опять ж отвечу сам себе — system("command"). Ну или через отдельный поток.