Если кому интересней, решил так:
example.i:

/* example.i */
%module example
%{
/* Put header files here or function declarations like below */
#define SWIG_FILE_WITH_INIT
int add(int a, int b);
struct V {
    double x,y,z;
};
int t = 5;
%}

int t = 5;
struct V {
    double x,y,z;
};
int add(int a, int b) {
    return a + b;
}

Больше стурктура ни в каких файлах не упоминается, add так же прилось описать в example.cxx, так и не понял почему %). Подробней (но не подробно)) описал у себя в блоге, не сочтите за спам, линк в профиле.