S>А вот этого как раз и нет. Программа для пользователей. Как внутренний скрипт. Даже рантайм не всегда установлен, сделано авто скачивание. А в перспективе совсем перейти на AOT. Поэтому MsBuild не подходит никак.
А на сколько в такой схеме допустимо работать с произвольными NuGet-пакетами? Не будет ли тут потенциальных проблем?
Просто, например, если ограничить список библиотек, которые доступны пользователю, то задача может резко упроститься.
Например, можно поставлять в дистрибутиве все разрешенные библиотеки и более ничего.