Автогенерации чего, кода самой миграции или результирующего SQL?
Если первое, то никто же не мешает удалить нагенеренное и писать руками, хоть на fluent API, хоть на голом SQL. Но зачем?
Если второе, то так делают все миграторы с fluent API.
Меня лично поначалу напрягал отдельный сгенеренный файл с кодом модели, который должен быть синхронизирован с миграциями и который нужно комитить и, соответственно, разбираться с merge конфликтами. Но к этому быстро привыкаешь.
В остальном разницы не вижу. Если уже используется ef core, то какой смысл втаскивать сторонний мигратор.