Здравствуйте, e.thrash, Вы писали:

ET>кол-во +- одинаковое на уровнях
ET>примерно 10 на первом уровне и 15 на втором

Да вроде немного. Если там не миллиарды сравнений, то можно просто все поля ID в строку сшить через разделитель, вот тебе и уникальный ключ. Сортируй по нему, а потом сверяй, что все эти строки одинаковые, и потом, что все дети попарно одинаковые. Да и всё вроде? Параллелить 10 операций бестолку, накладные расходы на параллелизм будут больше, чем само сравнение.