Речь о серверных приложениях. Т.к. сейчас все делают через JS-фреймворки React/Vue/Angular, а вопрос касается .Net — то о WebAPI, ибо все остальное уже не актуально.
Итак, стандартный способ деплоя — через непрерывную интеграцию CI/CD с помощью специального ПО или же просто через скрипты. Чуть глубже. Сейчас многие предпочитают виртуализацию, т.е. все через Docker/Kubernetes и при каждом новом деплое — обычно создается новая вирт. среда (а старая удаляется, дабы не думать о совместимости).
Раньше было несколько иначе — постоянно держали сервер, заходили на него по RDP, вручную удаляли файлы сайта на IIS, копировали новые. Или же проделывали то же самое через sftp/ftps.
Так вот. Ранее не было нужды пересобирать все, если изменения касались одного модуля (библиотеки). Даже более — можно было создать плагинную систему и копировать плагины просто в директорию, добавляя таким образом новый функционал, не вмешиваясь в старый, не производя компиляцию даже.
Теперь подобного можно достичь с помощью т.н. микросервисов, что не подходит для мелких случаев — для каждого плагина делать отдельный микросервис — это бред.
Ну и вопрос такой. Как лучше совместить плагинную систему и современные тренды, когда принято все собирать из исходников с нуля, обычно собирают целый проект а не по частям? Или же лучше не делать плагинов а просто пересобирать все с нуля как все?