S>В одном проекте используется несколько СУБД. Требуется добавить миграцию наименее гемморным способом. Т.е. для каждой СУБД будут свои файлы Migrations.

S>Можно указать папку Migrations в DbMigrationsConfiguration, но возникают проблемы (все равно ищет файл от чужой СУБД).

S>Как лучше сделать, при использовании EF?

у тебя же для каждой базы свой DbContext, для каждого из них создаёшь собственную DbMigration, в чём проблема-то?

другой доступный вариант — Database Projects , но там надо смотреть: есть ограничения, которые видно лишь во время использования