При создании .sln-файла при помощи monodevelop и последующем редактировании свойств solution'а
в файле создаётся следующий фрагмент:

    GlobalSection(MonoDevelopProperties) = preSolution
        version = 0.765
    EndGlobalSection

Вопрос: что потом происходит с этим version, когда из .sln создаётся .proj и обрабатывается в msbuild?

MSBuildEmitSolution=1 msbuild mysolution.sln

Попадает ли эта version в список Properties? Если да, то где это написано, если нет — то как же она используется?
Нет, не попадает, используется только внутри MonoDevelop.

А как всё-таки предполагалось её использовать?

Мировая общественность тоже не в курсе:
https://stackoverflow.com/questions/15350577/mono-monodevelop-get-solution-version-at-runtime
причём в принципе, вообще:
https://stackoverflow.com/questions/2293249/msbuild-set-properties-for-solution