Здравствуйте, MadHuman, Вы писали:

S>>Навешиваем логгинг на unhandled exception & domain unload events,
MH>если аборт происходит только в одном потоке, а остальные остаются и завершаются другие асинхронные инициализации (это видно по нашим логам), и собственно всё работает нормально (кроме тех мест которые рассчитывали на абортнутую инициализацию), это же однозначно говорит о том что AppDomain не был грохнут, верно?

В теории да, на практике лучше проверить все версии сразу
Кроме того, емнип хост может абортить не только домен целиком, но и отдельные потоки. Пруфов сходу не нашёл, по памяти.

MH>бывают ли какие другие причины (кроме явного вызова кем-то Thread.Abort) когда рант-тайм исходя из каких-то своих соображений абортит поток?..
Да. Пока больше всего похоже вот на это
https://stackoverflow.com/questions/4347870/how-can-i-find-out-why-my-thread-is-being-stopped-in-asp-net

И ещё вариации на ту же тему:
https://stackoverflow.com/questions/23483091/why-asp-net-kills-my-background-thread.
https://stackoverflow.com/a/21045242

Я бы посмотрел логи IIS + проверил, что никакие модули IIS типа wcf-хоста не вмешиваются.