ЭФ>> Документация на программу MSBuild не покрывает особенностей использования файлов описания в этих IDE.
МР> То, что вы перечислили (AutoGen, DesignTime, DependentUpon) в терминологии MSBuild называется метаданными.
МР> Это дополнительная информация, которая никак не станадртизуется, причем т.к. MSBuild-файлы использует не только MSBuild, но и самой Visual Studio,
МР> эти метаданные могут быть нужны только самой IDE.

Да, большое спасибо, что подтвердили то, что уже написано в моём сообщении.

МР> посмотреть какие Task используют на входе коллекцию Compile и по их коду попробовать определить

полезная идея.
https://github.com/Microsoft/msbuild/blob/6851538897f5d7b08024a6d8435bc44be5869e53/src/Tasks/XamlRules/CSharp.xaml#L82

DesignTime — A value indicating whether this file has a designer.

Мне хотелось бы повторить вопрос — где описано, как используется (должен использоваться) атрибут DesignTime в IDE ?

Теперь я хочу увидеть для чего он нужен на самом деле на примере кода MonoDevelop (внутренний голос подсказывает — надо брать и смотреть код).

Но нет, в MonoDevelop — нигде не используется для полезных целей:
https://github.com/mono/monodevelop/search?q=DesignTime