Здравствуйте, LWhisper, Вы писали:

LW>Как смешать их в одну большую кучу, и получить на выходе независимые файлы исходного кода, сгруппированные по сборкам-зависимостям?

Я когда то давно для таких целей использовал SchemaImporterExtension, в котором пропускал генерацию кода для совместно используемых типов, а вместо этого добавлял в исходник using на неймспейс с заранее сгенерированными типами.