T>Danchik, спасибо за ваши советы. Я тут проанализировал и понял что мне в любом случае будет писать дополнительно отдельную программу т.к. он должна правильно настроить системные настройки (и убедится что они применимы) и только после этого ставить сервис. И поднимать selfhost ради одного случая не совсем корректно.
Зато приятная плюшка можно посмотреть что там на сервисе.
Если уж специальная тулза ставит, то прокиньте настройки в registry, в чем проблема то?