Нужно сделать примерно это: allLines[i] = allLines[i].Replace( "include \\MASM32\\INCLUDE\\", "include " );
Сложность в том, что символы могут быть разного регистра, количество пробелов может быть разным и вместо пробелов может быть табуляция.

Краем уха слышал про регулярные выражения, что это принято делать ими, но как именно сделать — не знаю, а разбираться долго.
Короче, хелп ми!