Сейчас плагины подключаются через Assembly.Load. В результате пока приложение запущено сборку нельзя подменить на новую версию файл занят.
Можно грузить в домен приложений , но тогда придется на каждый плагин свой домен делать, насколько это ресурсоемко если у приложения будет 50-100 доменов создано ?
Какие еще варианты есть обновления сборки без перезагрузки приложения ?