А попробуйте делегировать создание потока самому домену,
т.е. есть некий worker, вы вызываете у него метод, и в этом методе
создаете поток. Потом выгружаете домен. Если не ошибаюсь, можно
синхронизироваться через какой-нибудь соотв. статический примитив.
