Здравствуйте, avishnyakov, Вы писали:
A>Порекомендуйте соглашения по оформлению такого рода проекта?

С Вашего комментария прошло много времени, но, на всякий случай, отвечу — вдруг кому-нибудь пригодится.

Я использую мигратор более 3 лет. За это время пршел к следующей организации проекта с миграциями:
1. Разделяю миграции и ресурсы для них (SQL файлы, включенные в ресурсы, например, с хранимыми процедурами);
2. Внутри папки с миграциями и с ресурсами разделяю по версиям приложения;
3. Миграции называю по типу Migration0047_DeleteAmountColumn, где 0047 — сквозной номер миграции с лидирующими нулями, DeleteAmountColumn — описание миграции в CamelCase. Таким образом, в списке файлов проекта миграции сортируются по возрастанию номера и без открытия файла миграции понятно, что в ней происходит.