VS 2010, компилируем в Release одно и то же assembly два раза.
Сравниваем результаты в бинарном формате "fc /b ..." и видим что есть различия в бинарниках.

Т.е. построить точно такой же проект невозможно из одних и тех же исходных кодов?
Каким образом можно построить "интеллектуальный" diff для апдейта приложения?
Есть какие то приложения, которые по умному определяют, что есть действительно изменения в assembly?