Может я не в тему напишу, не знаю как такое лучше сделать в NHibernate, но вообще я обычно такое делаю так:

UPDATE warehouse SET Quantity = Quantity - X WHERE ID = Y AND Quantity >= X

и проверяю что была изменена 1 строка, а не 0. Если 0 — выбрасываю ConcurrencyException.