Надо передать код по сети, и выполнить его на удаленной машине.

Решение должно быть оформлено в виде двух библиотек — одна для передающей стороны, другая для принимающей.
Принимающая сторона получает некоторый код, сжимает его, сериализует и возвращает массив byte[].
Пользовательский код по некоторому протоколу передает его на принимающую сторону.
Принимающая сторона получает массив byte[], преобразует его в вид пригодный для исполнения и выполняет.

Требования:

• Минимальный размер передаваемых данных — единицы килобайт с учетом сжатия (скорей всего System.IO.Compression).
  
• Минимум зависимостей на принимающей стороне. Желательно ограничиться .NET 2.0, размер кода со всеми зависимостями не более 500-600Кб.
  
• Под "кодом" следует понимать нечто, что можно будет выполнить на удаленной стороне, обладающее произвольной (неограниченной) функциональностью. Это может быть исходник на C#, скомпилированная сборка (.dll), IL-код метода (хотя в 1 метод много не сделает), etc.
  
• Сложность реализации на передающей стороне не ограничена.
  
• Сетевой протокол задается извне и может быть произвольным. Дополнительные каналы передачи использовать нельзя.

Способы решения:
1. Передавать сборку (.dll).
Передаваемый код можно писать на любом языке. Простая реализация на принимающей и передающей стороне.
Однако, даже если передавать только секцию кода, то все равно она будет раз в 5 больше чем исходник.
Очевидно что одна строчка кода ЯВУ
Console.WriteLine("q")
компилируется в несколько инструкций MSIL и кучу метаданных.

2. Передавать исходник.
На принимающей стороне есть компилятор C#, встроенный в .NET, с его помощью можно скомпилировать исходник и потом запустить из памяти.
Однако исходник содержит большое количество избыточной информации — пробелы, длинные имена переменных. Отчасти с этим справится сжатие, но лучше написать обфускатор, который убирал бы пробелы и переименовывал переменные, имена методов и типов.

3. Передавать CodeDom.
Если язык С# — то нужен парсер, т.к. у CSharpCodeProvider не реализован метод Parse.
Лучше парсить исходник, выкидывать из него лишнюю информацию, передавать свой AST, и на принимающей стороне преобразовывать его в CodeDom
Если язык не С# — то надо включить в зависимости принимающей стороны компилятор и рантайм. Например для Boo это будет ~1Мб, что многовато.

4. Передавать IL методов.
Это несколько ограничивает удобство написания кода, надо дизассемблировать и обрабатывать IL-код методов. Слишком сложно.