var a = db.Customers
  .GroupJoin(db.fn_GetProducts(), c => c.ID, p => p.ID, (c, ps) => new {c.ID, c, ps})
  .SelectMany(@t => @t.ps.DefaultIfEmpty(), (@t, p) => new {@t.c.ID, @t.c.Name, p.Description});

Сделать Linq для выбора Customers. Что-то типа IQueryable<Customer> q = db.Customers.Select(c => c);
IF (пользователь чекнул "вместе с продуктами")
{
  тут добавить join на fn_GetProducts()
}
IF (пользователь чекнул "вместе с ещё чем-то")
{
  тут добавить join на fn_GetЕщёЧтото()
}
и т.д.

А>Сделать Linq для выбора Customers. Что-то типа IQueryable<Customer> q = db.Customers.Select(c => c);
А>IF (пользователь чекнул "вместе с продуктами")
А>{
А>  тут добавить join на fn_GetProducts()
А>}
А>IF (пользователь чекнул "вместе с ещё чем-то")
А>{
А>  тут добавить join на fn_GetЕщёЧтото()
А>}
А>и т.д.
А>

var query1 = ... //whatever query
var query2 = from r1 in query
             join r2 in dataContext.some_function() on r1.FIELD equals r2.FIELD
             select new ...;

MC>var query1 = ... //whatever query
MC>var query2 = from r1 in query
MC>             join r2 in dataContext.some_function() on r1.FIELD equals r2.FIELD
MC>             select new ...;
MC>

//Сделать Linq для выбора Customers. Что-то типа 
IQueryable<Customer> q = db.Customers.Select(c => c);  // очевидно что тип переменной q тут IQueryable<Customer>
IF (пользователь чекнул "вместе с продуктами")
{
//  тут добавить join на fn_GetProducts()
  var q2 = from customer in q
        join product in db.fn_GetProducts() on customer.ID equals product.ID
        select new {customer.ID, customer.Name, product.Description};

// тут мне было б неплохо присвоить 
// q = q2; 
// чтоб в последующих if джойнить q на следующие условия. Но это присвоение невозможно, так как типы у q и q2 разные.
// может это неправильно у меня select new {customer.ID, customer.Name, product.Description}; ? А как тогда?
}
IF (пользователь чекнул "вместе с ещё чем-то")
{
// В зависимости от состояния чекбокса "вместе с продуктами" тут мне надо заджойнить либо q либо q2 на fn_GetЕщёЧтото()
}
и т.д.

    class temp {
        public temp() {
            var q = new List<SrcCustomer>().Select(c => new Data { Customer = c });
            if (1 == 1) {
                q = from customer in q
                    join order in (new List<SrcOrder>()) on customer.Customer.Id equals order.CustomerId
                    group order by customer into all
                    select new Data { Customer = all.Key.Customer, Orders = all, Department = all.Key.Department };
            }
            if (1 == 1) {
                q = from customer in q
                    join dept in (new List<SrcDepartment>()) on customer.Customer.DepartmentId equals dept.Id
                    select new Data { Customer = customer.Customer, Orders = customer.Orders, Department = dept };
            }
        }
        private class SrcCustomer {
            public int Id { get; set; }
            public int DepartmentId { get; set; }
            public string FullName { get; set; }
        }
        private class SrcDepartment {
            public int Id { get; set; }
            public string Name { get; set; }
        }
        private class SrcOrder {
            public int Id { get; set; }
            public int CustomerId { get; set; }
            public string ProductName { get; set; }
        }
        private class Data {
            public SrcCustomer Customer { get; set; }
            public IEnumerable<SrcOrder> Orders { get; set; }
            public SrcDepartment Department { get; set; }
        }
    }