Здравствуйте, senglory, Вы писали:

S>Это можно сделать при помощи Perfmon? Если да, то какие счетчики ставить и смтореть?

Вы можете попробовать помониторить причины, по которым фрагментация managed heap может возникнуть:
1. Объекты попавшие в Large Object Heap.
2. Объекты пришпиленные через fixed pointer.

Все остальные managed объекты передвигаются GC, чтобы как раз избежать фрагментации.