1. Хотелось бы создать службу независимо от вида хостинга. Как посоветуете это сделать, чтобы не перекидывать постоянно строчки из web.config в app.config и обратно?

2. У меня создалось такое впечатление, что проще написать свой XML-файл, со своей конфигурацией, то есть не обязательно по схеме <system.serviceModel>, и потом в коде генерить сервисы и всё окружение, верно ли это?

3. Можно ли "натравить" системного читальщика конфигурации <system.serviceModel> на свой XML-файл?

Здравствуйте, Fortnum, Вы писали:

F>1. Хотелось бы создать службу независимо от вида хостинга. Как посоветуете это сделать, чтобы не перекидывать постоянно строчки из web.config в app.config и обратно?

Сделать оба, общую(ие) секцию(ии) вынести в отдельный файл. См. атрибут configSource.

F>2. У меня создалось такое впечатление, что проще написать свой XML-файл, со своей конфигурацией, то есть не обязательно по схеме <system.serviceModel>, и потом в коде генерить сервисы и всё окружение, верно ли это?

Это как удобнее, ИМХО

F>3. Можно ли "натравить" системного читальщика конфигурации <system.serviceModel> на свой XML-файл?

Можно. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.servicemodel.configuration.aspx