H>При запуске Вашего CustomAction, на самом деле, сначала запускается InstallUtil. Параметры, ему переданные можно узнать из Context.Parameters в любом методе инсталлятора. Не помню точно — так или нет, но, по умолчанию, туда передаётся проперть TARGETDER. В любом случае Вы можете её туда передать в параметрах CustomAction. Попробуйте написать тестик, как тут рассказано: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.configuration.install.installer.context.aspx.
А вообще, скорее всего, все свойства из MSI доступны в InstallEventArgs.SavedState (
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.configuration.install.installeventargs.savedstate.aspx). Оно приедет в OnAfterInstall. Попробуйте отдампать.