N>3. Дальше просто. При выборе элемента дерева, читаем свойства из привязанной к элементу XMLNode в PropertyGrid. Затем, когда пользователь меняет свойство, сохраняем эти изменения в XmlNode. N>4. Когда пользователь закончил редактировать и нажал OK, сохраняем XmlDocument в файл. Если нажал Отмена, не сохраняем изменения в файл.
N>PS. Для хранения настроек обычно используется app.config. В .NET есть классы, которые работают с этими настройками, позволяют их считывать и менять программно, что гораздо легче, чем самому реализовывать подобную логику. Может это вам больше подойдет?
N>3 Не совсем понял как при изменении свойства менять xmlnode. Как подключить событие при изменении свойства PropertyGrid?