Здравствуйте, Idsa, Вы писали:

I>Подскажите, какие могут быть причины того, что при подключении каталога со сборками через Project->Options->Reference Path сборки не видятся, а при подключении через Project->Add Reference — видятся.

Причина банальна, как дважды два, подключение каталога со сборками через Project->Options->Reference Path указывает компилятору дополнительный каталог для поиска подключенных через Project->Add Reference сборок. Вот, а не то, что вы подумали...