Здравствуйте, Buzurud, Вы писали:

B>Зависимости лежат в той же папке что и сама сборка плагина. Эта папка лежит в папке с EXE-шником приложения.
B>Если зависимости положить в саму папку приложения то плагин запускается.
B>Как при загрузке сборки указать откуда ей подгружать все зависимости?

Это принципиально грузить сборку из массива байт? Если нет, то используйте метод Assembly.LoadFrom, он ресолвит зависимости. Если да — можно ресолвить самому. Для этого потребуется подписаться на событие AppDomain.AssemblyResolve