Спасибо, заработало. Можно избавиться от SetProcessAffinityMask используя готовые обертки из фрейморка:

private void SetProcessToCPU(string processName)
{   
    IntPtr cpu = new IntPtr(1); // Номер(а) процессра(ов)
    Process[] processes = Process.GetProcessesByName(processName);

    foreach (Process p in processes)
        p.ProcessorAffinity = cpu;    // Всех с таким именем на один процессор, если есть права конечно

    // Лучше конечно установить процессор только для рабочего потока а не для всего процесса приложения
    Process.GetCurrentProcess().ProcessorAffinity = cpu;  
}