Вот, нашел. Тег называется <netfx:NativeImage>. Он приказывает сделать ngen. Соответственно, заголовок wsx-файла меняется:

<Wix xmlns="http://schemas.microsoft.com/wix/2003/01/wi"
xmlns:netfx="http://schemas.microsoft.com/wix/NetFxExtension">