I>Если различия на самом деле так велики, то можно рефлектором с соотв-щим плугином получить полный исходник сборки и пересобрать так, как надо.

Там ного кода — не факт, что получится.

I>Если различий меньше (например, только в версии), то можно перенаправлять зависимости через app.config без перекомпиляции.

Нет, сам код абсолютно различен. Вариант вида "оставить в директории 1 нужный плагин" — работает

Хочется хотя-бы иметь в директории плагинов 2 плагина с одинаковым AssemblyName и подгружать при работе нужный.
А перед этим показать пользователю, что их 2 — и пусть выбирает с каким именно работать.