Пока все найденные библиотеки не позволяют создавать документ с элементами ввода: чекбоксами, текстовыми полями и radiobutton list'ами.
Что уже проверено:

Бесплатная PDFsharp:
http://pdfsharp.com/PDFsharp/index.php?option=com_content&task=view&id=53&Itemid=61
Платная Siberix (ранее уже куплена на компанию):
http://www.siberix.com/