Существует сторонняя программа предназначенная для общения с внешним устройством через COM порт. Необходимо разработать программу, которая будет эмулировать работу внешнего устройства. Насколько я понимаю для этого необходимо, в частности, создать виртуальный Com порт, на общение с которым затем настроить сторонную программу.
Как силами .net (версий 2.0, 3.0 или 3.5) создать виртуальный COM порт и вести с ним работу.