Здравствуйте, ВИВФ, Вы писали:

ВИВ>У вас проект, который по нажатию F5 становится например myprog.exe

Убило!

ВИВ>Какими способами (или одним способом) это можно сделать?

Никаким, запись в запущенный ЕХЕ файл задача нетривиальная и уж точно не решается в средствами .Net.