Объяснение получено.

Дело всё в виндовой фишке, связанной с WorkingDirectory. Относительный путь вычисляется не от места, где расположен exe, а от контекста запуска exe файла.

Простой пример:
Если приложение вызвать из командной строки следующим образом: "C:\Program Files\SomeApplication\>Subfolder\Applicatiion.exe", то WorkingDirectory будет следующей: "C:\Program Files\SomeApplication\" и все относительный пути будут вычисляться от этой точки.

Век живи, век учись блин

Всем спасибо за внимание.