N>Еще один вопрос. Если я применю обфускатор к публичной сборке, значит ее больше никто не сможет использовать?

OD>Разумеется, не сможет. Возможно, есть "умные" обфускаторы, которые синхронно обрабатывают весь проект

Можно просто не портить внешних интерфейсов. А "умные" обфускаторы, кстати, существуют.

Можно почитать об этом на сайте того обфускатора, который идёт в VS 2003, что-то вроде Preemptive Solutions, если память не изменяет. Там оба подхода присутствуют.