S>Откуда программа знает под какой версией она должна работать ?
S>Можно ли программу заставить работать на предыдущей версии Net ?

Visual Studio 2005 использует классы Framework 2.0, cоответственно написанная программа и запрашивает его для выполнения.
А в чем проблема-то? Взял и установил фреймворк, он всего-то 22,4Мб весит