Здравствуйте, arbidol, Вы писали:

A>Всё ж где-то в душе надеюсь что есть какой-то идентификатор в файловой системе для файла, по которому можно отследить что есть что.

Вы можете открыть файл, а потом вызвать GetFileInformationByHandle. В возвращаемой структуре есть идентификатор файла. Этот идентификатор + идентификатор тома однозначно идентифицируют этот файл пока вы держите хэндл файла открытым.