> Вопрос, а для SQL 2000 не будет версии или возможности совместимости
> компонета с этой БД? Компонент постоен на основе SQL SMO?

Для SQL2000/2005 есть SQL Compare/SQL Data Compare от Red Gate. Поддерживают
встраивание в свои приложения + есть возможность генерации .net приложения
которое накатывает патчи на базу.

Sql Compare — сравнение структур, создание снапшотов и т.д.
Data Compare позволяет сравнить данные в таблицах, создать, накатить патчи.

http://red-gate.com/