А при просмотре других сайтов и попытке логина окно появляется? Тут дело точно в IE, а не в вашем ASP.NET приложении (при условии, что пароль запрашивается в поле password, а не в текстовое поле для открытого текста).
данное сообщение получено с www.gotdotnet.ru
ссылка на оригинальное сообщение