Можно проверить версию Windows и это однозначно укажет на версию IIS. Берем версию ОС из Environment.OSVersion. Убеждаемся что PlatformID=PlatformID.Win32NT и затем выполняем сопоставление:
OSVersion = 5.0 => Windows 2000 => IIS 5.0
OSVersion = 5.1 => Windows XP => IIS 5.1
OSVersion = 5.2 => Windows 2003 => IIS 6
OSVersion = 6.0 => Windows Vista => IIS 7

Недостатом метода очевиден, надо вручную поддерживать таблицу соответствий.

Удалось найти еще один способ. В ветке реестра HKLM\SOFTWARE\Microsoft\InetStp есть два DWORD значения MajorVersion и MinorVersion с явным номером версии. Не знаю только насколько это надежная информация. (via Check IIS Version Before Installing)

---

данное сообщение получено с www.gotdotnet.ru
ссылка на оригинальное сообщение