Наблюдается такая проблема: если приложение использует сборку с "сильным" именем, то оно категорически отказывается работать с любыми другими версиями сборок, кроме той которая прописана в манифесте. Хотя в различных источниках читал что модификация младших частей версии — билда-ревизии должна считаться совместимой. Т.е. версия "1.0.0.0" теоретически может быть заменена "1.0.0.1". На практике этого не происходит.