C>Подскажите пожалуйста как можно и как лучше хранить произвольные объекты ( у каждого из них есть свой ID ).
C>Пока придумал токо:
C>

C>
• Сереализовывать каждый объект в xml и сохранять в файл с именем obj.Id.ToString()
  C>
• Создать таблицу в MSSQL ( uniqueidentifier [id], text [xml] ) и тоже сереализовывать его в xml
  C>

C>Как лучше?

лучше зависит от ситуации. Думаю, с базой лучше при больших объемах — легче поиск и т.д.